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胚胎学者指出唇腭裂形成于妊娠期的前三个月，在胚胎发育的早期，唇、腭是由两侧组织往身体中线融合起来的，若不能正常融合，就会产生各种不同部位的裂缝，出现唇裂、腭裂、唇腭裂这3种问题。
唇裂：单纯嘴唇裂开，称为唇裂，俗称“兔唇”，也可为后天因素造成，如外伤。唇侧裂比较多见，侧裂是指在人中的一侧或双侧发生裂隙，可同时伴腭裂。
腭裂：有时仅口腔内腭部裂开而外部正常，则称为腭裂,俗称“狼咽”。轻者仅表现为软腭部的悬雍垂(俗称“小舌头”)裂开，严重者则表现为从软腭到硬腭的整个腭部的裂开。此时患儿的口鼻腔之间没有了正常人的口盖来封闭，就形成了所谓的“狼咽”。
另外，唇腭裂指既有唇部裂开又有腭部裂开。
唇腭裂的预防关键在于怀孕早期，即妊娠头3个月左右是关键时期。孕妇要避免烟酒、病毒感染、污染等可能的致病因素，适当补充叶酸。还需要提醒的是，有的爱美女性会使用一些减肥、丰胸产品，长时间服用，这其中所含的激素也可能带来不良后果。
具体说来，目前得到公认的唇腭裂可能致病因素大概有以下几点：
遗传因素
在过往被临床诊疗患者中，只有少数的患者可查到家族性因素，为多基因遗传性疾病，再发的危险性相对较小。
若父母正常且第一位子女唇腭裂，生育第二位唇腭裂子女可能性为5%。若父母中有一位唇腭裂患者，生育唇腭裂子女的可能性为5%。若父母都是唇腭裂，生育第一位子女的可能性为25%。
