手足口病一般以手、物品和水源为媒介经口进行传染，或以飞沫形式通过空气传播。患者的咽部分泌物、唾液及粪便含有病毒。因此，该病一经发现应立即进行隔离治疗，隔离期2周。隔离期要对患儿口、咽腔排出物及粪便进行严格消毒，可能污染的日常用品、食具及便器也应消毒。如餐具煮沸消毒15分钟至20分钟，煮沸时间从水沸腾时算起，日常用品可用含有效氯(如漂白粉)300ml/L或0.1%过氧乙酸液擦拭或浸泡。
十种消毒方法：
蚊蝇：可用5%氯氰菊酯（奋斗呐）、2.5%溴氰菊酯或其他杀虫剂，按说明书使用。
饮用水：用每升1毫克—3毫克有效氯含氯消毒剂，如漂白粉、优氯净等作用30分钟。
垃圾：用每升1000毫克有效氯含氯消毒剂溶液喷雾作用120分钟。
生活用具、书籍、玩具、交通工具：用有效氯含氯消毒剂溶液擦拭消毒，作用时间30分钟，或用0.3%过氧乙酸作用60分钟，或用紫外线灯直接照射30分钟。
食具、饮具：用每升250毫克有效氯含氯消毒剂溶液作用30分钟。
生活污水：用每升50毫克有效氯含氯消毒剂作用120分钟。
人畜粪便：可用生石灰以1：1的比例与其搅拌均匀消毒。
盛放排泄物的容器：用每升500毫克有效氯含氯消毒剂作用120分钟。
患者衣、被单：煮沸20分钟或用每升500毫克有效氯含氯消毒剂作用30分钟。
厕所或其他污染地面、墙：用每升500毫克有效氯含氯消毒剂消毒。用量每平方米200毫升。旱厕也可用生石灰覆盖。
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